23 år gamle Rakel har en uromantisk one-night-stand som hun ikke tenker mer over, før hun seks måneder senere oppdager at hun er gravid. Hun føler at barnet i magen har lurt henne, som "en sneaky ninjababy som bare tror den kan gjemme seg der inne og kose seg, og så snike seg ut ni måneder senere". Rakel har aldri drømt om å bli mor, og må navigere landskapet mellom det hun tenker er det beste for seg, og det beste for barnet sitt. Ninjababyen dukker snart opp i Rakels tegnebøker, og han skjønner fort at han må kjempe for framtiden sin.
Ninjababy er basert på tegneserieromanen "Fallteknikk" av Inga H. Sætre, som også har gjort animasjonene i filmen.
